373年秦取梁、益二州，以楊安鎮成都，毛當鎮漢中，姚萇鎮墊江，王統鎮仇池，東晉軍退據巴東。[7]
太元元年〔376年〕，孝武帝司馬曜開始親政，謝安升中書監、錄尚書事，總攬朝政，陳郡謝氏成為東晉的最後一個「當軸士族」。同年，苻堅統一了中國北方，前秦與東晉的戰爭已經臨近。當時的東晉，長江上游由桓氏掌握，下游則屬於謝氏當政，謝安盡力調和桓謝兩大家族關係，以為即將爆發的戰爭作準備。[8]
戰前準備
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377年，廣陵缺乏良將防守，謝安不顧他人議論，極力舉薦自己的侄子謝玄出任兗州刺史，鎮守廣陵，負責長江下游江北一線的軍事防守。謝安則自己都督揚州、豫州、徐州、兗州、青州五州軍事，總管長江下游。謝玄不負叔父重託，在廣陵挑選良將，訓練精兵，選拔了劉牢之、何謙等人，並訓練出一支在當時的整個中原最具有戰鬥力的精兵——北府兵。
第一階段：淮南之戰
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378年四月，前秦征南大將軍苻丕率步騎7萬人進攻襄陽。苻堅又另派10萬多人，分三路合圍襄陽，總計投入兵力就是17萬。襄陽守將朱序死守近一年後，於太元四年（379年）二月城破被俘。苻堅又派彭超圍攻彭城，秦晉淮南之戰爆發。謝安在建康布防，又令謝玄率5萬北府兵，自廣陵起兵，謝玄4戰4勝，全殲敵軍。謝安因功封建昌縣公，謝玄封東興縣侯。
第二階段：淝水之戰
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當時不在秦統轄之內的，只有偏安東南的東晉。苻堅自恃兵力強大，決心滅東晉，統一全國。公元383年，苻堅發動歷史上有名的淝水之戰。
這時東晉當政的是謝安。謝安頗識大體，使統治階級關係協和，時人把他比之王導而又「文雅過之」（《晉書·謝安傳》）。與之合作者為桓沖：桓沖為中軍將軍，都督揚、豫、江三州諸軍事，揚、豫二州刺史，鎮姑孰。桓沖能顧全大局，雖與謝氏有衝突，但能「盡忠王室」，「忠言嘉謀，每盡力心」（《晉書·桓沖傳》）、「自以德望不逮謝安，故委以內相，而四方鎮扞以為己任」（《晉書·桓沖傳》）。謝安、桓沖一在朝廷，一在上游。當時桓、謝兩家手裡都掌有兵權，兩家合作共處，晉廷自南渡以來，難得政治安定。
淝水之戰的前夕，東晉以北府兵為主力。北府兵是一支精幹強大的軍隊。北府，指的是京口（今江蘇鎮江）；北方兗州、徐州南來的流民，多集中居住京口、常州一帶，東晉朝廷設置了南兗州、南徐州來安置這些僑民。這些來自北方的僑民「人多勁悍」，招募他們為兵，能組成一支勁旅。晉孝武帝太元初，謝玄任兗州刺史，領廣陵相，監江北諸軍事、謝玄就「多募勁勇，牢之與東海何謙等以驍猛應選。謝玄以劉牢之為參軍，領精銳為前鋒，「百戰百勝，號為北府兵。敵人畏之」（《晉書·劉牢之傳》）。
北方流亡到南方的僑民，最初不需負擔租賦徭役。後來為了整頓戶口，使僑民也負擔賦役，曾多次實行土斷。淝水戰前，桓溫主政時實行的一次土斷，歷史上稱作庚戌制（因實施於興寧二年，公元364年，三月庚戌之日），比較徹底，得到「財阜國豐」的效果。後來劉裕實行土斷時的上表中稱：「大司馬桓溫，以民無定本，傷治為深，庚戌土斷，以一其業。於時財阜國豐，實由於此。」（《宋書·武帝紀中》）可見，從財政上看，淝水之戰前也是東晉財力較為充足的時期。
淝水戰前，苻堅曾與他的王公大臣們討論伐晉問題。他首先吐露自己想法，說：「吾統承大業，垂二十載。芟夷通穢，四方略定。惟東南一隅，未賓王化。吾每思天下不一，未嘗不臨食輟餔。今欲起天下兵以討之，略計兵仗精卒，可有九十七萬。吾將躬先啟行，薄伐南裔，於諸卿意何如？」（《晉書·苻堅載記下》）參與朝議的王公大臣，大多反對伐晉：這時王猛已死，苻堅的同母弟征南大將軍苻融，太子苻宏，中心公苻詵，乃至苻堅尊敬的大和尚道安，都反對伐晉。
朝會散後，苻堅獨留苻融商議。《晉書·苻堅載記下》記載：「堅曰：『自古大事，定策者一兩人而已。群議紛壇，徒亂人意，吾當與汝決之」。融曰：『歲鎮在鬥牛，吳越之福，不可以伐，一也。晉主休明，朝臣用命，不可以伐，二也。我數戰，兵疲將倦，有憚敵之意，不可以伐，三也。諸言不可者，策之上也，願陛下納之。』堅作色曰：『汝復如此，天下之事吾當誰與言之！今有眾百萬，資仗如山。吾雖未稱令主，亦不為闇劣。以累捷之威，擊垂亡之寇，何不克之有乎？吾終不以賊遺子孫，為宗廟社稷之憂也』。融泣曰：『吳之不可伐，昭然。虛勞大舉，必無功而反。臣之所優， 作此而已。陛下寵育鮮卑，羌羯布諸畿甸，舊人族類，斥徙遐方。今傾國而去，如有風塵之變者，其如宗廟何？監國以弱卒數萬留守京師，鮮卑羌羯攢聚如林，此皆國之賊也，我之仇也。臣恐非但徒返而已，亦未必萬全。臣智識愚淺，誠不足採，王景略一時奇士，陛下每擬之孔明，其臨終之言，不可忘也』。」苻融所說王猛臨終之言，是：「晉雖僻陋吳越，乃正朔相承。親仁善鄰，國之寶也。臣沒之後，願不以晉為圖。鮮卑羌虜，我之仇也，終為人患。宜漸除之，以便社稷。」王猛、苻融所說晉不可伐的理由有二：一是兵將疲倦，不願再打仗；二是鮮卑羌羯是心腹之患。此二點正是前秦於淝水之戰的敗因。
苻堅滅燕以後，沒有殺害燕主慕容暐和燕國王公大臣，仍讓他們作官，保持著一定的政治地位。他回答苻融說：「今四海事曠，兆庶未寧，黎元應撫，夷狄應和，方將混六合以一家，同有形於赤子，汝其息之，勿懷耿介」（《晉書·苻堅載記》）。然而苻堅沒有想到，被征服的各族的貴族並不滿足於現有地位，這點為他後來的敗北埋下了伏筆。
晉孝武帝太和八年（383）五月，桓沖傾十萬荊州兵伐秦，以牽制秦軍，減輕其對下游的壓力。[9]
七月，苻堅下詔、大舉攻晉。民每十丁抽出一丁當兵。良家子年二十以下有材勇者，皆拜羽林郎。八月，以苻融為前鋒都督，指揮慕容垂等步騎二十五萬先行，苻堅隨後繼發，共有戎卒六十餘萬及騎兵二十七萬，旗鼓相望，隊伍綿延千里。九月，苻堅到達項城，而涼州之兵剛到咸陽，巴蜀之兵在此時方順流而下，冀之兵至於彭城，隊伍水陸齊進。運糧的船隻數以萬計，自河經石門，汴水、蒗薚渠前往汝潁。苻融則率兵三十萬，先到潁口（今安徽潁上東南，潁水入淮處）。
東晉以謝石為征討大都督，謝玄為前鋒都督，與將軍謝琰，桓伊等率眾八萬，以北府兵為主力，北上抗擊秦軍。
十月，秦軍渡過淮水，攻陷壽陽（今安徽壽縣）。晉朝派去援助壽陽的胡彬水軍，聽聞壽陽失陷，退守硤石。苻融命將軍梁成帥大軍五萬進攻洛澗，載斷淮水通路，意在截斷胡彬的退路，也使晉軍不得從淮水水路西進。謝玄大軍自東而西推進，在到達洛澗以東二十五里處停止前進。胡彬派人給謝玄送信說：「今賊盛，糧盡，恐不復見大軍。」（《資治通鑒》卷一○五晉孝武帝太元八年，下同）送信人被秦軍捉去。苻融趕快送信給苻堅說：「賊少易擒，但恐逃去，宜速赴之。」苻堅見信，留大軍於項城，帶輕騎八千，趕到壽陽。
十一月，謝玄遣劉牢之帥精兵五千人赴洛澗。梁成隔洛澗佈陣以待。劉牢之渡水進擊，大破梁成軍，殺了梁成，劉牢之一戰成名。秦步騎崩潰，爭赴淮水，士卒死者一萬五千人。於是謝石大軍，水路俱進，迫臨淝水。
苻堅和苻融登壽陽城東望，見晉軍布陣嚴整，又望八公山上草木，皆以為晉兵。苻堅開始有懼色，回頭對苻融說：「此亦勁旅，何謂弱也！」
苻堅派朱序去晉軍大營，勸說謝石投降。朱序原是東晉襄陽太守，到了晉營，不但不勸說謝石投降，反給謝石劃策，說：「若秦百萬之眾盡至，誠難與為敵。今乘諸軍未集，宜速擊之。若敗其前鋒，則彼已奪氣，可遂破也。」
秦軍緊靠著淝水西岸布陣，晉軍進到淝水東岸，與秦軍隔水相峙。謝玄派人對苻融說：「君懸軍深入，而置陣逼水，此乃持久之計，非欲速戰者也。若移陣少卻，使晉兵得渡，以決勝負，不亦善乎！」秦的將軍們都說：「我眾彼寡，不如遏之，使不得上，可以萬全。」苻堅說：「但引兵少卻，使之半渡。我以鐵騎蹙而殺之，蔑不勝矣。」苻融也同意這個主意。苻融指揮軍隊稍退。哪知大軍一退，便收不住了。謝玄等領晉軍渡水，沖殺過來。苻融想攔阻退兵，不想馬倒，死在亂兵之中。朱序又乘機在陣後大呼：「秦軍敗矣！」苻融一死，秦軍大慌，又聽得秦軍已敗，一發不可收拾。晉軍從後追殺，直追出三十多里。秦軍自相蹈藉而死者，蔽野塞川。逃奔的兵卒，聞風聲鶴唳，皆以為晉兵且至，晝夜不敢息，重以「飢凍，死者十七八」。晉軍收復壽陽。苻堅中流矢，只帶領少數人退回淮北。朱序等原東晉降將也回到了東晉，而戰前輕視謝安的桓沖則不久之後慚愧而亡。
淝水之戰，以秦軍的大敗結束，苻堅有很多失誤之處，嘆言「悔不聽王景略陽平公之言」。